La Junta de Apelaciones está compuesta por miembros diferentes a la Junta de Evaluación, todos, miembros del consejo científico del organismo certificador y de tres países distintos.

La Junta de Apelaciones tiene como misión velar por la equidad en el examen de las distintas solicitudes así como asegurar que los criterios de excelencia y rectitud se aplican con vocación de universalidad para cualquier país e institución.